Awal cerita  dimulai dari sebuah pesan ancaman yang ditujukan pada gubernur Tokyo. Dilanjutkan dengan berhasilnya Conan mencegah banyaknya korban ketika sebuah terowongan kereta bawah meledak. Lalu akhirnya Conan menyadari bahwa kasus tersebut masih ada hubungan dengan sebuah desa yang tengah melakukan relokasi pembangunan waduk. Disanalah usaha untuk mencegah serangan dari pelaku dimulai.